Упершыню ў межах цяперашняга Магілёўскага аддзялення Беларускай чыгункі рух цягнікоў быў адкрыты ў 1873 годзе на ўчастку Мінск-Гомель Лібава-Роменскай чыгункі, якая злучыла горад Бабруйск з партамі Балтыйскага і Чорнага мораў, з індустрыяльнымі цэнтрамі Беларусі, Украіны, Польшчы і Расіі. Чыгунка ўзяла на сябе асноўную частку перавозкі грузаў, спрыяючы развіццю прамысловасці горада на Бярэзіне.

Губернскі горад Магілёў доўгі час не меў чыгункі. Перавозкі грузаў і пасажыраў ажыццяўляліся гужавым і рачным транспартам. Нягледзячы на неаднаразовыя звароты Магілёўскага губернатара і Гарадской Думы аб будаўніцтве чыгуначнай веткі ад Магілёва да Оршы, пытанне будаўніцтва доўгі час не вырашалася станоўча. І толькі ў канцы 1902 года было прынята рашэнне аб будаўніцтве чыгуначнай лініі ад Віцебска да Жлобіна праз Магілёў за кошт Дзяржаўнай казны, што ў значнай ступені ажывіла развіццё горада: з'явіліся новыя прадпрыемствы, акцыянерныя таварыствы, буйныя аб'яднанні прамыслоўцаў, купцоў і банкіраў.

Развіццю Магілёўскага краю і ператварэнню мястэчка Крычаў ў гандлёва-прамысловы цэнтр павінна было садзейнічаць адкрыццё руху на ўчастку, будаўніцтва чыгункі, якое пачалося ў 1914 годзе. Аднак першая сусветная вайна, за якой адбылася рэвалюцыя і братазабойчая грамадзянская вайна, значна падоўжылі гэты працэс.

У выніку рух на ўчастку Орша-Крычаў-Унеча быў адкрыты ў 1923 годзе, а будаўніцтва ў 1931 годзе лініі Рослаў-Крычаў-Магілёў-Асіповічы зрабіла горад Крычаў буйным чыгуначным вузлом Маскоўска-Беларуска-Балтыйскай дарогі.

Пасля пачатку Вялікай Айчыннай вайны чыгуначнікі Магілёўшчыны ў кароткі час забяспечылі эвакуацыю ў тыл часткі насельніцтва, прамысловых і чыгуначных прадпрыемстваў. Да моманту прыходу нямецкіх войскаў на вузлавых станцыях практычна не засталося паравозаў і вагонаў.

Тыя чыгуначнікі, што засталіся на акупаванай тэрыторыі, вялі непрымірымую барацьбу з захопнікамі: уступалі ў партызанскія атрады і арганізоўвалі падпольныя групы супраціўлення, вялі дыверсійную работу, выводзілі са строю варожую тэхніку, спальвалі склады, збіралі і перадавалі савецкім войскам інфармацыю аб размяшчэнні войск праціўніка.

Усяго за 3 гады акупацыі падпольшчыкі і партызаны Магілёўшчыны пусцілі пад адхон каля паўтары тысячы воінскіх эшалонаў і больш за тысячу мастоў і трыццаці двух кіламетраў чыгункі.

Вялікая Айчынная вайна нанесла чыгунцы вялікія страты і разбурэнні. Адступаючы, нямецкае камандаванне рабіла ўсё, каб нанесці максімальны ўрон аб'ектам чыгуначнай гаспадаркі, узрываліся вакзалы, выводзілася з ладу чыгуначнае палатно, таму пасля доўгачаканай Перамогі адной з найважнейшых задач для чыгуначнікаў стала тэрміновае аднаўленне чыгуначнай гаспадаркі з мэтай забеспячэння больш вялікіх аб'ёмаў перавозак.

4 кастрычніка 1946 года загадам № 829 Міністра шляхоў зносін СССР Першым начальнікам Магілёўскага аддзялення Беларускай чыгункі прызначаецца падпалкоўнік руху Мядзведзеў Аляксандр Аляксеевіч.

На новаўтвораным аддзяленні працягваліся пачатыя ў пасляваенны час работы па рамонту і аднаўленні службова-тэхнічных будынкаў і жылога фонду, на вузлавых станцыях пабудавана і ўведзена ў эксплуатацыю 10 трансфарматарных падстанцый і 8 пражэктарных мачтаў, будуецца жыллё, што дазволіла перасяліць сем'і чыгуначнікаў з зямлянак і кузаваў вагонаў у новыя кватэры.

Да канца 1948 года закончылі абсталяванне аднапутных перагонаў электражэзлавай сістэмай Трегера, пачаліся працы па абсталяванні станцый маршрутна-кантрольнымі прыборамі сістэмы Наталевіча і Грыгорава.

З 1950 года ў паравозныя дэпо аддзялення пачынаюць паступаць больш магутныя паравозы для грузавога і пасажырскага руху серый З, СА, СУ, што дазволіла ўжо ў гэтым жа годзе перакрыць паказчыкі даваеннага ўзроўню па абароту вагона, тэхнічнай хуткасці і сярэдняй вазе грузавога цягніка.

2 лістапада 1957 года па стане здароўя і дасягненні пенсійнага ўзросту Аляксандр Аляксеевіч Мядзведзеў вызваляецца ад займаемай пасады, а начальнікам Магілёўскага аддзялення прызначаецца былы начальнік Брэсцкага аддзялення Карасцялёў Дзмітрый Паўлавіч.

З прыходам Дзмітрыя Паўлавіча ва ўсіх паравозных дэпо аддзялення пачынаецца актыўная работа па пераабсталяванні паравозаў з вугальнага на нафтавае ацяпленне, прадоўжыліся работы па электрыфікацыі станцый другога і трэцяга класаў. Першая на аддзяленні буйная станцыя Асіповічы-1 была абсталявана маршрутна-кантрольнымі прыборамі сістэмы Грыгорава.

31 ліпеня 1958 года Магілёўскае аддзяленне ўзначаліў былы першы намеснік начальніка Амурскай чыгункі, ганаровы чыгуначнік Ганчароў Павел Сцяпанавіч.

Пры Паўле Сцяпанавічы адбываецца змяненне ў структуры апарата аддзялення: ствараюцца новыя аддзелы: сігналізацыі і сувязі, заработнай платы і тэхнікі бяспекі.

Буйныя залежы сільвеніта, выяўленыя ў Старобінскім раёне, і наступнае будаўніцтва калійных камбінатаў пацягнула адкрыццё 2 чэрвеня 1959 года руху на ўчастку Слуцк-Салігорск, будаўніцтва шэрагу станцый калійнага вузла і развіццё станцыі Слуцк.

У 1961 годзе адбываецца чарговае змяненне межаў Магілёўскага аддзялення, у склад якога перадаюцца станцыі Журбін, Шасцёраўка і Крычаў-2.

У гэтым жа годзе на аддзяленні ўтвараецца Магілёўская вузлавая аўтабаза, а таксама заканчваецца будаўніцтва аддзяленчай бальніцы.

27 верасня 1962 года да кіраўніцтва аддзяленнем прыступае Міхаіл Максімавіч Пракапішэк, які працаваў да гэтага начальнікам станцыі Орша.

У сувязі са значным павелічэннем паступлення ў адрас калгасаў, саўгасаў і іншых сельскагаспадарчых арганізацый мінеральных угнаенняў і абавязкам выгружаць вагоны сіламі чыгункі, усё часцей і часцей на аддзяленні сталі ўзнікаць цяжкасці, звязаныя з недастатковасцю працоўнай сілы і франтоў выгрузкі.

Несвоечасовы вываз грузаў вымушаў чыгуначнікаў падаваць вагоны на непрыстасаваныя для выгрузкі месцы, што часта прыводзіла да сапсавання ўгнаенняў.

На выдзеленыя з дзяржбюджэту СССР сродкі пачынаецца актыўнае будаўніцтва павышаных пуцей і прырэльсавых складоў для захоўвання ўгнаенняў, вядзецца добраўпарадкаванне грузавых двароў і пад'ездаў да іх, актыўна закупляецца розная спецтэхніка для механізаванай выгрузкі сыпкіх грузаў.

Аднак аддзяленне не збіраецца спыняцца на дасягнутым.

У лакаматыўнай гаспадарцы пачынаецца актыўны пераход з паравознай на цеплавозную цягу: для грузавой работы пачынаюць выкарыстоўвацца цеплавозы серыі ТЭ-3, пасажырскія цягнікі пачынаюць вадзіць цеплавозы ТЭП-60, на прыгарадных шляхах зносін пачалася эксплуатацыя дызель-цягнікоў ДР-1, а да манеўровай працы прыступілі ТЭМ-2, ТГМ-3 і першыя ЧМЭ-3.

3 лістапада 1972 года на станцыю Асіповічы прыбыў першы электрацягнік.

10 ліпеня 1975 года ўпершыню ў сетцы чыгунак СССР перадавы машыніст лакаматыўнага дэпо Магілёў Васіль Харлампіевіч Качмароў павёў грузавы цягнік цеплавозам ТЭ-3 «ў адну асобу».

У сувязі з выхадам на пенсію ў 1980 годзе Міхаіла Максімавіча Пракапішэка на пасаду начальніка Магілёўскага аддзялення прызначаецца былы начальнік аддзела перавозак Віцебскага аддзялення Беларускай чыгункі Віктар Васільевіч Халімоненка, пры якім працягнулася актыўная работа па развіцці нашага аддзялення.

Вялікая ўвага стала надавацца паскарэнню тэмпаў жыллёвага будаўніцтва. Па ініцыятыве Віктара Васільевіча на буйных прадпрыемствах аддзялення пачынаецца работа па стварэнні і ўмацаванні будаўнічых брыгад, дзякуючы чаму, на працягу пяці гадоў здаецца 580 кватэр, 537-мясцовы інтэрнат у г. Магілёве і 100-мясцовы інтэрнат у г. Асіповічы.

12 верасня 1985 года начальнікам Магілёўскага аддзялення становіцца Уладзімір Тарасавіч Чэпелаў, які працаваў да гэтага першым намеснікам начальніка Магілёўскага аддзялення Беларускай чыгункі.

Аператыўныя меры, прынятыя новым кіраўніцтвам, дазваляюць за астатнія чатыры месяцы 1985 года закончыць пачатыя папярэднікамі праекты.

На станцыі Магілёў завяршаецца будаўніцтва багажнага аддзялення з пакоямі адпачынку для пасажыраў і аддзяленнем перавозкі пошты.

У лакаматыўным дэпо Магілёў у эксплуатацыю здаецца цэх тыпу «ПЛАУЭН» для арганізацыі тэхабслугоўвання манеўровых цеплавозаў ЧМЭ-3.

На вузлавых станцыях ствараюцца пункты канцэнтрацыі інфармацыі, задачай якіх з'яўляўся збор і першасная апрацоўка інфармацыі, якая паступала з падраздзяленняў аддзялення, з наступнай перадачай яе ў вылічальны цэнтр чыгункі.

У 1988 годзе, ўпершыню ў гісторыі Магілёўскага аддзялення, яго новы начальнік быў абраны на агульным сходзе працоўнага калектыву. Кіраўніком Магілёўскага аддзялення стаў былы намеснік начальніка Гомельскага аддзялення Сцяпан Ільіч Шкапіч.

З мэтай вырашэння праблемы пропуску доўгасастаўных грузавых цягнікоў на чыгуначным участку Орша-Магілёў-Жлобін пачынаюцца актыўныя работы па падаўжэнні пуцей станцый з паралельнай кладкай другога галоўнага пуці на лімітуючым перагоне Латва-Палыкавіцкія Хутары.

Дыстанцыямі сігналізацыі і сувязі працягваецца ўстаноўка прыбораў ПАНАБ і ДЫСК, вядзецца далейшая работа па абсталяванні чыгуначных пераездаў аўтаматычнай сігналізацыяй з пераводам іх у разрад неахоўных.

У 1989 годзе камісіяй пад старшынствам Міністра шляхоў зносін СССР Мікалая Сямёнавіча Конарава даецца высокая ацэнка выкананай у Асіповіцкім вагонным дэпо работы па ўводу ў эксплуатацыю буйнейшага ў сетцы чыгунак Савецкага Саюза комплексу будынкаў для арганізацыі капітальнага рамонту буйнатанажных кантэйнераў.

У сувязі з пераводам у 1990 годзе Сцяпана Ільіча Шкапіча ва Упраўленне Беларускай чыгункі, кіраўніцтва аддзялення прымае былы начальнік станцыі Віцебск Уладзімір Ільіч Жэрало.

Працаваць Уладзіміру Ільічу прыйшлося ў цяжкі час, калі ў краіне пачаўся эканамічны крызіс, а дзяржаўным кіраўніцтвам было прынята рашэнне пераходу ад адміністрацыйна-каманднай сістэмы гаспадарання да рыначнай эканомікі.

У сувязі з пераводам Уладзіміра Ільіча Жэрало начальнікам Брэсцкага аддзялення, на пасаду начальніка Магілёўскага аддзялення ў 1995 годзе прызначаецца былы начальнік станцыі Магілёў Уладзімір Міхайлавіч Лапцінскі.

Для скарачэння выдаткаў на закупку запчастак для рамонту цягавага саставу, у лакаматыўным дэпо Магілёў арганізуецца ўчастак аднаўлення зношаных дэталяў метадам газапалымянага напылення, а прыбудова да будынка «ПЛАУЭН» дазваляе арганізаваць бягучы рамонт цеплавозаў ЧМЭ-3 для ўсёй Беларускай чыгункі.

За перыяд кіраўніцтва Уладзіміра Міхайлавіча Магілёўскім аддзяленнем быў выкананы вялікі аб'ём работ па рэстаўрацыі і добраўпарадкаванні вакзалаў вузлавых і лінейных станцый з прылеглымі да іх тэрыторыямі, свае дзверы для пасажыраў адкрыў адноўлены да першароднага выгляду помнік культуры і гісторыі 20-га стагоддзя — чыгуначны вакзал станцыі Магілёў.

Пасля прызначэння ў 2005 годзе Уладзіміра Міхайлавіча Лапцінскага першым намеснікам Начальніка Беларускай чыгункі, да кіраўніцтва Магілёўскім аддзяленнем прыступае новы начальнік — Марозаў Уладзімір Міхайлавіч, які працаваў да гэтага першым намеснікам Магілёўскага аддзялення.

З прыходам Уладзіміра Міхайлавіча пачынаецца актыўная работа па ўдасканаленню і развіццю прыбораў аўтаматыкі, телемеханікі і сувязі: паветраныя лініі сувязі замяняюцца оптавалакновым кабелем, укараняюцца прыборы мікрапрацэсарнай паўаўтаматычнай блакіроўкі, прыборы кантролю перагону метадам падліку восяў, прыборы кантролю сходу рухомага саставу і шмат іншага.

На прадпрыемствах аддзялення ўкараняюцца перадавыя тэхналогіі, закупляецца новая тэхніка. Аддзяленнем ўдасканальваецца арганізацыя грузавых і пасажырскіх перавозак.

На станцыі Магілёў на базе «Магілёўгрузсэрвіс створаны транспартна-лагістычны тэрмінал па захоўванні і перапрацоўцы буйнатанажных кантэйнераў і ўсіх відаў грузаў масай да 50-ці тон.

Вядзецца далейшая праца па рэстаўрацыі і добраўпарадкаванню вакзалаў вузлавых і лінейных станцый з прылеглымі да іх тэрыторыямі.

Пачынаецца праца па электрыфікацыі ўчастка Жлобін-Бабруйск-Асіповічы, у рамках рэалізацыі інвестыцыйных праектаў па развіццю цэментнай галіны ў Рэспубліцы Беларусь вядуцца работы па будаўніцтву станцыі Міхеевічы.

Пасля прызначэння ў жніўні 2012 года Уладзіміра Міхайлавіча Марозава Начальнікам Беларускай чыгункі на пасаду начальніка РУП «Магілёўскае аддзяленне Беларускай чыгункі» зацвярджаецца Маісееў Аляксандр Анатольевіч, які працаваў да гэтага намеснікам начальніка аддзялення — галоўным рэвізорам па бяспецы руху Гомельскага аддзялення Беларускай чыгункі.